Tres órganos componen la estructura de la UNESCO: la Conferencia General, el Consejo Ejecutivo y la Secretaría.

1. La CONFERENCIA GENERAL que reúne a los Estados Miembros normalmente cada dos años, es el órgano soberano. En virtud de la regla "un Estado un voto" determina los programas y el presupuesto de la Organización.
2. El CONSEJO EJECUTIVO , en el que están representados 51 Estados, se reúne generalmente dos veces por año y constituye una especie de consejo de administración que vela por la correcta ejecución de las decisiones de la conferencia general y prepara el trabajo de ésta.
3. La SECRETARÍA , bajo la autoridad del Director General, elegido cada 6 años por la Conferencia General, se encarga de llevar a la práctica los compromisos adquiridos por los Estados Miembros.

Para cumplir sus objetivos la UNESCO desempeña cinco funciones capitales. A menudo cada actividad de la Organización desarrolla varias de ellas, dando prioridad a los países y grupos más vulnerables y desfavorecidos: países africanos, mujeres, jóvenes, etc.

Estas funciones son las siguientes:

• La Prospectiva : ¿Qué educación, qué ciencias, qué cultura y qué comunicación para el futuro?
• El Fomento y la transferencia de conocimientos : La investigación, la enseñanza y la capacitación.
• La Función normativa : Elaborar, revisar y aplicar "convenciones internacionales".
• El Asesoramiento : La cooperación técnica con los Estados Miembros en relación con sus políticas y proyectos de desarrollo.
• El Intercambio de informaciones especializadas .

La acción de la UNESCO corre a cargo, en primer lugar, de las autoridades de sus 186 Estados Miembros, con la colaboración de las comunidades educativas, científicas, culturales y del mundo de la comunicación. En la actualidad, en 182 de estos países, su representación la asumen las Comisiones Nacionales, únicas en el sistema de Naciones Unidas. Las Organizaciones No Gubernamentales nacionales e internacionales contribuyen también a la obra de la UNESCO. La organización se ha asociado así mismo con otros organismos internacionales de las Naciones Unidas que se ocupan, por ejemplo, del desarrollo, la infancia, el medio ambiente o la financiación.

Distribución del presupuesto de la UNESCO por sectores:

• Ciencias Sociales 9%
• Programas Transversales 8%
• Educación 36 %
• Ciencias 21%
• Cultura 16%
• Comunicación, información e informática 10%.

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